Het onderzoek van Aalt-Jan van Dijk richt zich op de ontwikkeling en toepassing van methoden voor machine learning in de levenswetenschappen. In nauwe samenwerking met collega’s die werken aan specifieke biologische vragen zet hij deze methoden in om grote datasets te analyseren die worden gegenereerd binnen het onderzoek naar moleculaire aspecten van de biologie. Het gaat hierbij bijvoorbeeld om data verkregen uit genomics, proteomics en metabolomics. Een belangrijk aspect van het onderzoek is hoe de machine learning modellen beter interpreteerbaar kunnen worden gemaakt. Op deze manier kan er meer inzicht worden verkregen in biologische systemen, zoals genregulatie netwerken of de activiteit van enzymen. Daarnaast kan het beter interpreteerbaar maken van de modellen ook helpen bij het ontwerpen van interventies die in het lab kunnen worden uitgevoerd. Een voorbeeld van dit laatste is het zodanig muteren van eiwitten dat hun interactiepatroon heel specifiek wordt aangepast. In zijn onderzoek laat Van Dijk de kracht van dit soort samenwerkingen tussen data analyse en experimenteel onderzoek voor het oplossen van biologische vragen zien.

Samenwerking binnen de FNWI

De onderzoeksgroep die Van Dijk gaat leiden is de Biosystems Data Analysis (BDA) groep van het UvA Swammerdam Institute for Life Sciences (SILS). Hij wil de samenwerking tussen deze groep en andere onderzoeksgroepen aan de UvA FNWI versterken. Op het vlak van methodologieontwikkeling hoopt hij op een nog nauwere samenwerking met diverse groepen van het Informatics Institute. Met betrekking tot het onderzoeken van biologische en biochemische toepassingen ziet Van Dijk veel kansen voor gezamenlijke projecten, zowel met directe collega’s bij SILS als met onderzoekers van andere instituten, zoals het Van 't Hoff Institute for Molecular Sciences.

Van Dijk gaat bijdragen aan het onderwijs van verschillende opleidingen waarin bioinformatica en de analyse van moleculaire (omics) data een rol spelen. Dit is in het bijzonder het geval bij de bachelor en master biomedische wetenschappen, en bij de masteropleiding Bioinformatics and Systems Biology (joint degree UvA/VU). Daarnaast zal hij bachelor- en masterstudenten begeleiden bij onderzoeksprojecten binnen SILS.

Over Aalt-Jan van Dijk

Van Dijk promoveerde in 2006 aan de Universiteit Utrecht, met als onderzoeksrichting het voorspellen van de structuur van eiwitten die aan elkaar binden m.b.v. eiwit-docking. Daarna werkte hij een aantal jaar als onderzoeker Bioscience bij Wageningen University and Research (WUR). Vanaf 2016 werd hij als universitair docent aangesteld bij WUR waar hij vervolgens vanaf 2021 werkte als universitair hoofddocent Bioinformatica.

Als (co-)auteur van ~100 peer-reviewed publicaties heeft Van Dijk aanzienlijke bijdragen geleverd aan zijn vakgebied. Het gaat hierbij zowel om het ontwikkelen van methodes voor bijvoorbeeld het voorspellen van de functie van genen met behulp van machine learning als ook om toepassingen van de methodes op concrete biologische vragen.  Naast een NWO Veni-beurs heeft Van Dijk verschillende projecten binnengehaald, bijvoorbeeld voor NWO-TTW of NWO-M2. Daarnaast neemt hij deel aan het recent gestarte NWO-LTP programma CropXR. De inzet van Van Dijk voor onderwijs en cursusontwikkeling blijkt uit zijn uitgebreide ervaring in het ontwikkelen van en lesgeven in verschillende cursussen met betrekking tot data science en machine learning, op bachelor, master en PhD niveau. Ook is hij sinds 2023 onderzoekscoördinator bij de graduate school Experimental Plant Sciences.